El Departamento de Ingeniería Química nació con la fundación misma de la Universidad Católica del Norte. En el año 1957 se creó la Escuela de Ingeniería Química y con ella la carrera de Química Industrial, para, posteriormente el año 1967, crear la carrera de Ingeniería Civil Química vigente hasta la fecha.

Los profesionales de las primeras promociones de ingenieros químicos contribuyeron a la formación del Departamento de Sistemas y el Centro de Computación de la UCN. Posteriormente y atendiendo la necesidad de formar profesionales orientados a la operación de plantas de proceso, el año 1970, se creó la carrera de Ingeniería de Ejecución en Química Industrial, la que luego de cambios de nombres y transiciones se convirtió en Ingeniería de Ejecución Química el año 1990. En la década del 2000, y respondiendo a las necesidades de desarrollo sustentable y compromiso con el medio ambiente se creó, el año 2002, la carrera de Ingeniería Civil Ambiental.

A partir del año 2005, la unidad experimenta una serie de transformaciones que le permiten mejorar su articulación con el entorno, para responder en forma efectiva a sus requerimientos de transferencia tecnológica y profesionales competentes. Esto ha permitió la adjudicación de 3 proyectos Mecesup orientados a mejorar estrategias docentes y mallas curriculares, contrataciones de académicos con proyectos Fondecyt, la adjudicación de proyectos INNOVA, conformado el Centro de Recursos Hídricos para Zonas Aridas, en perfecta sintonía con los requerimientos regionales, permitiendo que los estudiantes puedan desarrollar tesis aplicadas.