El Departamento de Ingeniería de Sistemas y Computación se fundó el 11 de Octubre de 1979, por decreto de Rectoría N°161/79, con el nombre de Departamento de Ciencias de la Computación e Informática, en respuesta a los requerimientos que las tecnologías de información estaban empezando a imponer en la sociedad.

Lo anterior se sustentó en la experticia alcanzada a través del Centro de Computación, que brindaba importantes servicios tanto a la Universidad como de manera externa a diversas empresas de la región, para lo cual contaba con académicos con formación en sistemas, provenientes del entonces Departamento de Ingeniería, que fueron quienes sentaron las bases para la formación de profesionales en Informática en la Universidad Católica del Norte.

El desarrollo del Departamento de Ingeniería de Sistemas y Computación en los últimos 30 años, ha estado dirigido fundamentalmente a la formación de ingenieros en las especialidades de Ingeniería en Computación e Informática y en los últimos 10 años a la especialidad de Ingeniería Industrial, ocasión que hizo recomendable el cambio de nombre al nombre actual de Ingeniería de Sistemas y Computación. Es así como el Departamento tiene la responsabilidad de tres carreras en las especialidades de Ingeniería de Ejecución en Computación e Informática, Ingeniería Civil en Computación e Informática e Ingeniería Civil Industrial que atienden una cantidad aproximada de 1000 estudiantes.

A partir de 2006 el Departamento inició la formación de postgrado, a través de su Magíster en Informática, ampliándose en el 2009 con el Magíster en Gestión de Información y Tecnologías. Desde el año 1996 el Departamento cuenta con una unidad de capacitación, destinada a la formación continua de profesionales, según los requerimientos del mercado laboral.